Inquiet des futures superbactéries qui nettoient la planète? Mais méfiez-vous de l’IA? Je suppose que ces antibiotiques ne vous intéressent pas • Technologik

Bien que de nouvelles souches d’antibiotiques soient de plus en plus difficiles à développer, les scientifiques l’ont fait, avec l’aide d’un réseau neuronal.

Le médicament – nommé halicine comme pointe de chapeau pour HAL 9000, le bot IA fictif dans Space Odyssey d’Arthur C. Clarke – a été identifié par le logiciel formé comme un candidat antibiotique probable parmi une base de données de plus de 6000 composés complexes. Une équipe de pharmacologues a dûment synthétisé l’halicine dans un laboratoire et a découvert qu’elle était capable de tuer plusieurs souches de bactéries dans des boîtes de Pétri.

De manière prometteuse, l’halicine a également pu guérir des souris infectées par une souche particulière de A. baumannii, un pathogène agressif communément répandu dans les hôpitaux, qui a été résistant à tous les antibiotiques connus auparavant. Le nouvel antibiotique a été décrit dans un article publié [PDF] jeudi à Cell.

Le développement de nouveaux antibiotiques est s’avérant problématique à mesure que le financement se tarit, les compagnies pharmaceutiques font faillite et les germes continuent d’augmenter. Les médecins et les agriculteurs distribuant imprudemment des doses d’antibiotiques ont également permis aux bactéries de s’adapter, ce qui les rend plus difficiles à tuer.

“Nous sommes confrontés à une crise croissante autour de la résistance aux antibiotiques, et cette situation est générée à la fois par un nombre croissant d’agents pathogènes devenant résistants aux antibiotiques existants, et par un pipeline anémique dans les industries biotechnologiques et pharmaceutiques pour les nouveaux antibiotiques”, m’a dit James Collins, professeur Termeer de génie médical et de science au MIT aux États-Unis.

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Collins et ses collègues croient que les réseaux de neurones peuvent aider l’industrie pharmaceutique à identifier de nouvelles versions d’antibiotiques qui fonctionnent différemment des médicaments précédents, non seulement en battant les bactéries, mais en leur rendant plus difficile le développement d’une résistance.

Tout d’abord, les boffins ont formé un réseau neuronal profond sur un ensemble de données de 2 335 composés d’une liste de médicaments et de produits chimiques approuvés par la FDA trouvés dans les plantes, les animaux et les microbes. Le classificateur binaire a appris à prédire la probabilité qu’un composé arrête la propagation de E. coli, un type courant de bactérie qui peut provoquer une intoxication alimentaire, en raison de sa structure chimique.

Ensuite, le modèle a été testé par rapport à un deuxième ensemble de données contenant un autre ensemble de 6 111 composés. L’algorithme a mis en évidence 99 qui étaient le plus susceptibles d’être efficaces contre E. coli. Lorsque l’équipe a étudié la sélection, ils ont réduit le groupe à 51. Seuls deux de ces composés présentaient des propriétés prouvées inhibant la croissance de E. coli. Une inspection plus approfondie a révélé que l’un était potentiellement moins toxique que l’autre, et les chercheurs ont finalement opté pour l’halicine.

Le médicament a été décrit comme «structurellement différent des antibiotiques conventionnels». Il a réussi à détruire des échantillons de plusieurs souches de différents agents pathogènes, y compris E. coli, Mycobacterium tuberculosis, Enterobacteriaceae (CRE), A. baumannii, et Pseudomonas aeruginosa.

“Ces agents pathogènes sont considérés par l’Organisation mondiale de la santé comme les bactéries qui nécessitent le plus d’urgence de nouveaux traitements”, ont écrit les têtes de lecture dans le journal.

Halicin a été éradiqué avec succès M. tuberculosis, une bactérie qui cause la tuberculose, et a pu arrêter la croissance de la CRE. Il a également pu traiter des souris infectées par A. baumannii. Mais n’a pas pu s’attaquer Pseudomonas aeruginosa, un pathogène pulmonaire qui a développé une tolérance élevée aux antibiotiques.

Il reste encore du chemin à parcourir avant que l’halicine puisse être testée sur des humains. Les bio-boffins ont déclaré qu’ils effectueraient des tests supplémentaires et aimeraient travailler avec une entreprise pharmaceutique ou une organisation à but non lucratif pour développer le médicament. ®

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